São geralmente shinobi altamente experientes com grande habilidade individual que servem como capitães militares. Eles são muitas vezes enviados em missões de Rank A, e um Jōnin experiente pode até mesmo ser enviado em missões de Rank S (que são considerados a maior dificuldade). Não é incomum para um Jōnin ir em missões sozinhos. Os Jōnin geralmente são capazes de usar pelo menos dois tipos de chakra elemental,[15] alguns usam habilidades de genjutsu e taijutsu acima da média.
Os Jōnins especiais são ninjas que, tem todo o treinamento jōnin e habilidade de nível jōnin em uma área específica ou habilidade, assim como subtenentes no mundo real. Eles são especialistas de elite em suas áreas e frequentemente são designados como subordinados a regular quando seus serviços são necessitados.
